Lorsque Gebelin mourut en mai 1784, il fut enterré dans le cimetière protestant parisien. Le Comte d’Albon faisant valoir son amitié et la renommée de ce savant, afin de lui donner une sépulture digne, demanda de le faire exhumer. Lorsqu’il en fit la demande au roi, celui-ci aurait répondu que " Monsieur d’Albon ferait mieux de payer les dettes de Monsieur de Gebelin".
Il fit transporter le corps dans ses jardins et l’inhumation eut lieu le 10 juillet 1784. Après l’avoir fait mettre dans un cercueil de plomb, il lui fit construire un tombeau orné de quatre stèles funéraires.
Sur l’une des colonnes il avait fait graver :
« Passant, vénérez cette tombe, Gebelin y repose »
Le tombeau fut profané à la Révolution française, la trace n’en est plus visible.
Où est situé ce tombeau ? Le Comte d’Albon écrit « Le tombeau que je lui ai élevé est situé dans un endroit écarté qu’il choisissait pour réfléchir et promener ses idées philosophiques sur le tableau de la nature ...»